Bazı sistemler sertifikaları farklı formatlarda kabul edebilir. Bu yüzden sertifika üreticileri tarafından size verilen .cer veya .crt uzantılı formatlar yeterli olmayabilir.
PEM formatı Sertifika Üreten Firmalar tarafından en çok kullanılan formattır. PEM sertifikaları genellikle .pem, .crt, .cer, ve .key. Bu dosyalar Base64 formatında kodlanmış dosyalardır ve "-----BEGIN CERTIFICATE-----" ile "-----END CERTIFICATE-----" ifadeleri bulunur. SSL sertifikaları, Alt Kök sertifikaları ve privatekey ler PEM formatıyla yek dosya içine yerleştirilebilir.
DER formatı basit olarak sertifikanın binary formatındaki halidir. Genelde .cer dosyası olarak bulunmasına rağmen bazen .der formatındadır. DER formatındaki bir .cer dosyası ile PEM formatındaki bir .cer dosyası arasındaki fark sadece dosyanın açılarak içindeki BEGIN/END ifadelerinin olup olmadığına bakmakla anlaşılabilir. Daha öncede belirttiğimiz gibi PEM formatında bu ifadeler bulunmaktadır.
Tüm sertifikalar ve privatekey ler DER formatıyla kodlanabilir. DER genellikle Java tabanlı platformlar içindir.
PKCS#7, diğer adıyla P7B, formatı genellikle Base64 ASCII formatında kaydedilir ve dosya uzantısı .p7b veya .p7c dir. P7B sertifikaları "-----BEGIN PKCS7-----" ile "-----END PKCS7-----" ifadelerini içerir. Bir P7B sadece sertifikayı ve/veya Alt Kök sertifikayı içerebilir, privatekey i içeremezler. Windows ve Tomcat sunucuları bu tür formatları kullanırlar.
PKCS#12, diğer adıyla PFX, formatı sertifikaların binary formatındaki halidir. Bu formatta privatekey, alt kök sertifika ve SSL sertifikası kombine olarak bulunabilir ve dosya uzantıları .pfx veya .p12 dir. PFX dosyaları genelde Windows tabanlı sistemlerde sertifikaları ve privatekey leri göndermek veya almak için kullanılır.
PFX dosyası PEM formatına çevrilirken, OpenSSL tüm sertifikaları ve privatekey leri tek bir dosya altında toplar. Sonrasında eğer istenirse herhangi bir Text Editör ile bu dosya açılarak; her bir sertifika ve privatekey (BEGIN/END ifadeleri de alınarak) ayrı ayrı sertifika.cer, CASertifikasi.cer ve privatekey.key olarak kaydedilebilir.